如果希望在Windows?2000和早期操作系統之間建立多重啟動，就需要使用FAT或FAT32文件系統。在這種情況下，用戶就應該把系統配置成多重啟動并在硬盤上用FAT或FAT32分區做為活動分區。這是因為早期的操作系統不能訪問NTFS格式的本地硬盤分區。如果服務器不需要配置多重啟動功能，用戶最好使用NTFS格式的文件系統。
Windows?2000所推薦使用的NTFS文件系統提供了FAT和FAT32文件系統所沒有的、全面的性能，可靠性和兼容性。NTFS文件系統的設計目標就是用來在很大的硬盤上能夠很快地執行諸如：讀、寫和搜索這樣的標準文件操作，甚至包括像文件系統恢復這樣的高級操作。
NTFS文件系統包括了公司環境中文件服務器和高端個人網站制作所需的安全特性。NTFS文件系統還支持對于關鍵數據完整性十分重要的數據訪問控制和私有權限。除了可以賦予Windows?2000計算機中的共享文件夾特定權限外，NTFS文件和文件夾無論共享與否都可以賦予權限。NTFS是Windows?2000?中唯一允許為單個文件指定權限的文件系統。然而，當用戶從NTFS卷移動或復制文件到FAT卷時，NTFS文件系統權限和其它特有屬性將會丟失。
像FAT文件系統一樣，NTFS文件系統使用簇作為磁盤分配的基本單元。在NTFS文件系統中，默認的簇大小取決于卷的大小。在“磁盤管理器”中，用戶可以指定的簇大小最大為4k。
Windows?2000包括一個新版本的NTFS，該文件系統在原有的靈活的安全特性（比如域和用戶賬戶數據庫）之上又加入了新的特性，如活動目錄(Active?Directory)Windows?2000中使用的NTFS文件系統支持以下特性：
??活動目錄。使網絡管理者和網絡用戶可以方便靈活地查看和控制網絡資源。
??域。它是活動目錄的一部分，幫助網絡管理者兼顧管理的簡單性和網絡的安全性。例如，只有在NTFS文件系統中用戶才能設置單個文件的許可權限而不僅僅是目錄的許可權限。
??文件加密。能夠大大提高信息的安全性。
??稀松文件。應用程序生成的一種特殊文件，它的文件尺寸非常大，但實際上只需要少部分的磁盤空間。就是說，NTFS只需要給這種文件實際寫入的數據分配磁盤存儲空間。
??其他的數據存儲模式。這些模式可以提高存儲和修改信息的效率。
??磁盤活動的恢復日志。它將幫助用戶在電源失效或其他系統故障時快速恢復信息。
??磁盤配額。管理者可以管理和控制每個用戶所能使用的最大磁盤空間。
??對于大容量驅動器的良好擴展性。NTFS中最大驅動器的尺寸遠遠大于FAT格式的，而且，NTFS的性能和存儲效率并不象FAT那樣隨著驅動器尺寸的增大而降低。
NTFS文件系統是使用Windows?2000所推薦的文件系統。NTFS具有FAT文件系統的所有基本功能，并且提供如下的FAT或FAT32文件系統所沒有的優點：
??更為安全的文件。
??更好的磁盤壓縮性能。
??支持最大達2TB的大硬盤（NTFS可支持的最大磁盤容量比FAT的大得多，而且隨著磁盤容量的增大，NTFS的性能不像FAT那樣隨之降低）。
??雙重啟動配置（在同一臺計算機上同時安裝有Windows?2000和其他操作系統）。
